Honig sollte dunkel, trocken und geruchsfrei gelagert werden. Da Honig Wasser und Gerüche anzieht, müssen die Lagergefässe gut verschlossen sein und aus lebensmittelechtem Material bestehen. 

Auch die Lagertemperatur hat einen grossen Einfluss auf den Honig. Ideal ist eine Temperatur von 15 °C, aber auch die Lagerung bei Raumtermperaturen um die 20 °C übersteht der Honig gut, ebenso wie die Aufbewahrung in der Tiefkühltruhe.

Sorgfältig gelagerter Honig ist über viele Jahre und Jahrzehnte haltbar. Die Angabe auf den Etiketten "Mindestens haltbar bis Ende..." nennt meist eine Verbrauchsfrist von zwei bis drei Jahren. Diese Information ist vom Lebensmittelgesetz vorgeschrieben; die effektive Haltbarkeit ist bei Qualitätshonigen jedoch wesentlich höher.

Siehe zu diesem Thema auch den Beitrag unter "Aussehen".